提到論文，很多人馬上能夠聯想到大學、碩士、博士學習階段的學位論文，以及同行評審期刊論文和會議論文，而且腦海中可能會立即出現包括摘要、關鍵字、引言、材料、方法、結果、討論、結論、致謝、參考文獻、附錄在內的固定格式。 這些確實是學術論文的主要類型和格式。 但是，從內容和貢獻性質來講，論文還可以進一步劃分為更多類型。 而且，各學科領域對劃分的類型均有所不同。 各個期刊對投稿的論文類型也有不同的規定，並不接受所有類型。
學術文獻分為一次文獻和二次文獻
一次文獻包括研究型論文、學位論文、研究報告、專利、專著等原創性資料。
二次文獻包括綜述型論文、教科書、工具書和手冊等彙集一次文獻資訊的編纂資料和摘要彙編型文獻等。 按照讀者不同，文獻可以分為學術報導、同行評審學術論文和大眾科普文章三類。
發表在期刊上的學術報導不要求同行評審，具體包括學術新聞、社評、書評、評論等。 社評（editorial）由學術期刊主編撰寫，是對某期期刊的總結（例如關於某主題的特刊）。
書評（book review）針對近期出版的學術專著發表觀點，屬於二次文獻，通常篇幅較短。 大部分學術期刊均發表書評。 書評通常不被各單位的科研績效考核政策計為論文成果。
評論（commentary）是為了促進同行之間討論的關於科研熱點的基於證據的解讀短文。 這四類文章對科研人員把握行業動態非常有用。
理工科論文的類型
1. 原創型論文，又稱研究型論文（original research article）
這是所有學科和各個期刊共同具有的最為普遍的論文類型。 論文必須具有原創性、科學性（正確性）、完整性。 由於論文的主要目的是發佈創新性研究成果，原創型論文在奠定一個人的學術地位方面最為重要。 原創型論文是一次文獻，字數一般從3000到1萬多字或單字不等。
按照學術貢獻性質，原創型論文分為三種：
（1）只提出命題，但不給出證明
（2）不提出命題，但對已有命題給出證明
（3）既提出命題，又給出證明
當年楊振寧和李政道獲得物理學諾貝爾獎的宇稱不守恆原理的論文，就是只提出命題，而未給出證明。 需要注意的是，不給出證明不代表可以像寫科幻小說那樣去寫學術論文。 對於支援命題論點的證據，必須作為論據從理論或實驗上予以陳述，否則無法保證論文所必須具有的科學性。 這是學術論文與科幻小說之間的本質區別。 宇稱不守恆原理的實驗證明是由吳健雄完成的。 她對楊振寧和李政道提出的命題假設給予了實驗認證。 但是，諾貝爾獎只授予了楊、李兩人，而沒有授予吳健雄。 這是由於諾貝爾獎評選委員會優先肯定提出命題具有更高的原創性價值。 實際上，愛因斯坦的成就也主要是提出新的理論假設即命題，而關於他所提出的相對論理論的很多實驗證明，都是在後來的幾十年甚至上百年後被其他研究者完成的，包括前幾年才發現的著名的引力波的存在。
相比較而言，第三種原創型論文的貢獻最為完整，而第一種原創型論文通常比第二種更有價值。 這是因為發現問題是解決問題的前提。 如果還沒有發現問題，就談不上解決問題。 至於說發現和解決哪個水準更高，這是無法比較的，因為它們需要不同的技能。
學術研究的創新性通常體現在新的發現或新的方法。 新的發現是指新的科學現象或社會現象，是人類探索未知的集中體現。 新的方法是指使用新的手段解決已有命題中的問題，通常是發明創造的集中體現。 關於新的發現和新的方法哪個更重要或更有價值，這就好比追問科學和技術哪個更重要。 實際上，兩個都重要，都有不同的原創性價值。
2. 短交流型論文或快訊型論文（short/brief/rapid communication）
這類論文通常採用簡短的篇幅搶時間快速報導具有重大意義和時效性的新發現或新方法。 它是原創型論文的簡寫本，通常被認定為與研究型論文具有相同價值的正式科研成果。
3. 綜述型論文（review/overview article）
綜述型論文是對某個領域內的現有原創型論文予以總結和展望，並提出自己的學術見解，概括關鍵問題和急待解決的問題。 綜述型論文屬於二次文獻，價值也很高。 它具有大量參考文獻（通常至少100篇），被他人引用的次數多，經常作為一個領域的快速入門學習材料和跟蹤前沿的權威指南。
綜述型論文在體例格式上比原創型論文在材料、方法、結果和討論這四部分有所簡化，只須具有討論一節，或分別針對每個議題進行論述。
在撰寫綜述型論文時，需要特別注意避免抄襲或剽竊，必須忠實引用原文，對他人的觀點需要清晰引注，以便與自己的觀點明確區分開，避免讀者誤解。
對於剛進入某一學科領域的研究人員來講，撰寫綜述型論文是一個良好的寫作實踐。 因為已經閱讀了大量文獻，撰寫綜述可以提煉觀點，把握學科走向。 但是，僅撰寫綜述型論文並不能完全建立自己的學術地位，仍然需要撰寫一些原創型論文。 這就是為什麼很多期刊通常向學術權威約稿綜述型論文並給稿費酬謝的原因。 有些期刊為了確保綜述型論文的權威性，不接受非約稿的稿件。 因此，如果想發表綜述型論文，最穩妥的辦法是事先致信期刊編輯詢問是否接受主動投稿。
在綜述型論文中，一般不宜使用自己未發佈的研究數據，因為這些數據最好留給原創型論文使用。
4. 短評型論文（commentary）
這類論文不如綜述型論文全面，而是針對一個特定問題、研究動態或已經發表的論文開展評論，表達自己的論點，通常是建設性批評或觀點質疑，並有證據支援。 它屬於二次文獻，通常篇幅較短，大約1000-2000字或單詞。 這類論文不像原創型論文和綜述型論文那樣被科研績效考核政策計為具有相同價值的成果。 有些期刊甚至稱這類論文為讀者來信。 論文作者需要查明考核政策的成果認證規定。
醫學論文的類型
醫學論文是與數學、自然科學、社會科學和工程技術均有所不同的一類特殊的學術論文，種類較多，體裁各異，論文類型多於理工科論文，主要增加了方法型論文、分析型論文、病例報告。
1. 原創型論文
2. 綜述型論文
3. 短交流型論文或快訊型論文
4. 短評型論文
5. 方法型論文（method article）
方法型論文提出醫學或臨床研究的新型實驗方法或測試步驟。 創新性要求不像原創型論文那麼高，但是要求更為詳細的實驗細節，以供他人重複。
6. 分析型論文（analysis article）
分析論文論述醫生、病患和健康政策管理人士所關心的臨床、科技、道德和政策問題。
7. 病例報告（case report）
病例報告通常記錄和總結臨床中少見但具有特殊意義的病例。 這類論文有新意，實用價值高，被很多讀者所喜愛。 特別是針對罕見病症的首例報導，能夠引發新的研究熱點，在國內外具有重要影響力。 但是，有些醫學期刊不發表病例報告。
文科論文的類型
哲學和社會科學等文科的學術論文在類型和格式上與理工科或醫學論文非常不同。 文科論文通常只包括原創型和綜述型兩類。 在格式上沒有材料、方法、結果、討論這四部分，而代之以關於每個論題的創建性論述和理論概括。 從內容上看，文科的原創型論文可以分為以下四種。
1. 開拓型論文
這類論文在事物規律或研究方法上提出創見，綜合系統地形成一家之言。
2. 評論型論文
這類論文是對某個特定的歷史、人物、事件、思潮、觀念、方法、著作、研究成果等的分析和評述，比綜述型論文的範圍要窄，聚焦某個專題，對錯誤觀點或不充分的證據從理論高度予以批評和糾正。
3. 質疑型論文
這類論文不盲從權威論點，從學術觀點上對前人的研究提出不同的看法，或從證據上質疑補缺。 這類論文説明澄清是非、鑒別真偽，保證學術研究在百家爭鳴的過程中正確發展。
4. 考證型論文
這類論文用於研究歷史、人物、名作、古籍、典章制度等的辨證考察，避免孤證而信，以證據為關鍵，破偽求真，澄清學術界長期爭論不休的議題。
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