在之前的文章SCI論文投稿前的選刊和諮詢步驟介紹了英文論文在投稿前的選刊準備工作。在向期刊主編問詢結束或從作者指南中查閱清楚版面費、審稿時間、內容吻合度等關鍵情況後，即可開始投稿。 本文介紹投稿的詳細步驟和注意事項。
多數SCI英文論文投稿均使用Aries Systems的Editorial Manager（簡稱EM）網站。Aries Systems旗下的另一項服務是ProduXion Manager（簡稱PM）。EM與PM構成學術論文從投稿到發表的全部工作流程。 論文作者可以登錄這兩個網站全程跟蹤進展。EM 的流程主要包括作者投稿、期刊編輯助手初審、期刊編輯評審、同行評審、錄用決定和論文修改這五步。PM的流程主要包括錄用論文移交出版部門、編輯、排版、校對糾錯、發表出版這五步。
Aries Systems Corporation是一家位於美國馬薩諸塞州的學術投稿和出版服務機構，擁有Editorial Manager、ProduXion Manager、LiXuid Manuscript 、Commerce Manager等註冊商標。
EM是關於學術期刊和書籍的手稿提交及同行評審線上跟蹤系統。作者通過該系統提交手稿和元數據（metadata），並根據期刊要求修改。 期刊編輯通過該系統審閱投稿、提交稿件給同行評審專家，並向作者發出接受、修改或拒絕稿件的決定。審稿專家通過該系統接受或拒絕審稿邀請，展示自己是否有時間參加評審和擅長的專業領域，並提交論文評審意見。
EM系統以標準化流程格式適用於大量加盟期刊，使得作者能夠快速填報投稿內容，節省投稿時間，並能將作者上傳的檔和填報的資訊匯總成一份詳細的投稿記錄，供作者審閱批准。EM系統能夠為審稿專家記錄審稿積分和貢獻。 EM系統能夠為編輯和校對稿件提供方便的工具，並能將拒稿的論文和同行評審審稿意見傳送到後續投稿期刊，將錄用的論文傳送到諸如ProduXion Manager的出版流程和部門。 EM系統能夠通過其收款管理工具接收出版費用。另外，該投稿管理系統與學術出版界的常用標準業務或規定均有良好的集成，例如：ORCID、Ringgold、Funder Registry、JATS和CRediT，使作者能夠感受到一站式服務的周到和便捷。
在EM投稿管理系統的”Journals List”（期刊清單）功能表，按照期刊名稱的英文字母順序開列所有加盟期刊，包括幾乎全部SCI期刊，並列出期刊所屬的出版社名稱。點擊投稿期刊的名稱，頁面會跳轉到期刊投稿登錄網頁。 SCI英文論文的投稿步驟包括以下9步。
閱讀投稿指南
有些論文作者對投稿指南（又稱作者指南）不夠重視，認為只要跟著投稿功能表走就夠了。這種想法是錯誤的，會導致低效率操作、返工和投稿錯誤。 實際上，投稿指南中對論文的很多格式和必須上傳的檔做了嚴格規定。 論文作者需要在投稿前準備好，具體包括：
- 是否需要提供“Short title”（短標題，50個字元以內）
- 摘要的字數限制和格式，即是否需要在摘要的一個自然段內列出“Objective”、“Methods”、“Results”、” Conclusions“等標題
- 關鍵詞的個數限制
- 論文必須包括的部分，尤其是“Acknowledgements”、 “Funding statement”、“Conflict of interest“、”Author contributions“等部分的撰寫格式或規定的句式和用詞
- 關於醫學論文的倫理批准書和參試者知情同意書等宣示寫法或證明要求
註冊並登入期刊投稿帳戶
論文作者從Editorial Manager投稿管理網站的”Author Login”、”Reviewer Login”、”Editor Login”、”Publisher Login”這四個按鍵選項中，選擇”Author Login”（作者登錄）。 如果沒有註冊過期刊投稿帳戶，論文作者需要針對每個想要投稿的期刊分別註冊帳戶。 即使通過已經註冊的ORCID（開放研究貢獻人員身份識別碼，簡稱學者代碼）帳戶登錄期刊投稿網站，也需要先授權連接，並填寫期刊投稿賬戶註冊資訊。
需要注意的是，很多中國作者在論文署名中喜歡使用全大寫的姓以區別首字母大寫的名。 在註冊ORCID帳戶和期刊投稿帳戶時，需要將姓的大寫方式與論文署名的大寫方式保持一致。 否則，如果以首字母大寫的姓註冊期刊投稿帳戶並登錄，投稿時系統自動產生的姓將是首字母大寫的姓，而非全大寫的姓，而且無法修改。
選擇投稿狀態
論文作者登錄進投稿帳戶後，會在”Main Menu”（主功能表）頁面看到關於投稿狀態的三個系列功能表，分別是”New Submissions”（新投稿）、”Revisions”（修改）、”Completed”（完成）。 論文作者須選擇”Submit New Manuscript”（提交新手稿）子功能表。
在”New Submissions”投稿狀態功能表下，包括”Submit New Manuscript”、”Submissions Sent Back to Author”、”Incomplete Submissions”、”Submissions Waiting for Author’s Approval”、”Submissions Being Processed”五個子功能表。 每個子功能表的末尾均在括弧中跟隨有一個”0″或非零數位，表示處於該狀態的論文篇數。
在”Revisions”投稿狀態功能表下，包括”Submissions Needing Revision”、”Revisions Sent Back to Author”、”Incomplete Submissions Being Revised”、” Revisions Waiting for Author’s Approval”、“Revisions Being Processed”、“Declined Revisions” 六個子功能表。
在”Completed”投稿狀態功能表下，只有”Submissions with a Decision”一個子功能表。
上傳投稿檔案
在”Article Type Selection”這一步中選擇論文的類型，然後在”Attach Files”這一步中從電腦上選擇論文手稿（manuscript）和投稿信（cover letter） 檔上傳，並根據功能表提示對上傳的檔選擇標記正確的檔類型（例如manuscript、cover letter等）。 有些醫學期刊還要求上傳具有國際標準統一格式的”Disclosure of Interest”（利益衝突說明）表格 （在投稿指南中下載）。 需要注意的是，上傳文件的檔名須少於64個英文字符（含空格）。
選擇投稿的專業方向
在”General Information”這一步中，從專業方向的下拉菜單中選擇合適的方向。
選擇期刊編輯，推薦審稿專家，請求審稿專家迴避
在”Review Preferences”這一步中，從期刊編輯姓名的下拉功能表中選擇希望處理稿件的編輯。 如果沒有偏好，可以不指定編輯。 添加推薦的審稿專家和請求迴避的同行評審審稿專家的姓名、單位、電子郵箱、推薦或迴避的理由。 論文作者也可以不推薦或不迴避任何審稿專家。
填寫論文資訊和發佈宣示聲明
在”Additional Information”這一步中，填寫插圖數量、彩色插圖數量、表格數量、英文字數、臨床試驗註冊號等，並勾選一系列宣示聲明（例如所有作者是否同意發表）。
審閱匯總資訊
在”Manuscript Data”這一步中，審閱投稿系統自動產生的投稿資訊，包括標題、短標題、摘要、關鍵詞、作者、資助情況。 在「作者」那欄，需要仔細檢查作者的姓名拼寫、排序和通訊作者勾選標記。 作者的排序能夠通過拖拽每個作者的信息塊上下調整位置順序。 在「資助情況」那欄，可以從檢索功能表中選擇資助機構名稱，填寫資助項目的號碼和經費接受者姓名等。
產生pdf投稿文件並審閱批准
點擊”Build PDF for Approval”按鍵後，投稿系統會產生一個pdf文件，匯總展示投稿論文的全部內容，包括作者排名和正文。 這時，在”Main Menu”（主功能表）的”Submissions Waiting for Author’sApproval”的投稿狀態子功能表中會顯示”（1）”， 表示有1篇論文等待作者批准投稿。 作者審閱pdf文件無誤後，點擊批准鍵提交，即可完成投稿流程。 這時，在主功能表頁面的”Submissions Being Processed”子功能表中會顯示”（1）”，表示有1篇論文已經投稿成功。 如果點擊該子選單，會跳出一個工具條，裡面有關於此次投稿的詳細資訊和可選行動連結（包括”View Submission”和”Send E-mail”）。 同時，論文作者的投稿郵箱會收到一封投稿成功的通知郵件，包括論文的投稿編號。 下一步即可等待期刊的回復或觀察投稿帳戶主功能表上的投稿狀態變化。
如果在上述投稿過程中半途而廢，在主功能表的”Incomplete Submissions”子功能表中會顯示”（1）”，表示有1篇論文未完成投稿。 如果在系統產生pdf投稿文件後發現有錯，或者在前面任何一步發現有錯，都可以回到出錯的步驟重新上傳檔或回答問題。
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